Todos os arquivos são links físicos, com contagens de links de pelo menos 1.
É por isso que os arquivos parecem iguais. Eles são iguais. O que você parece estar procurando são arquivos com mais de um link para o arquivo. Há muito pouco que distingue um arquivo com uma contagem de links maior que um de um arquivo com uma contagem de links de um… exceto a contagem de links (e algum comportamento estranho em relação a atributos e carimbos de data).
E isso é fácil de verificar com o comando find
que está em Kit de ferramentas de utilitários SFUA , que é executado no Subsistema para aplicativos baseados em Unix :
find . -links +1