Sugiro que você use o bash para a chave Exec
. Tente bash -c "~/anaconda2/bin/jupyter notebook --notebook-dir=~/Notebook"
ou bash -i -c "jupyter notebook --notebook-dir=~/Notebook
se você tiver adicionado o caminho completo para as variáveis ambientais.
Não sei por que sua entrada não funcionaria, mas acho que pode ser o antes de "caderno"?
BTW, eu não usaria uma entrada de área de trabalho para aplicativos como o Jupyter Notebook, pois acredito que o processo do notebook ainda precisa ser eliminado no terminal.