Eu estava tendo um problema muito parecido e, por alguma razão, o que funcionou para mim foi colocar todas as minhas configurações personalizadas de composição na parte superior do arquivo original em /usr/share/X11/locale/en_US.UTF-8/Compose e, em seguida, criar um link para ele chamado .XCompose no diretório inicial, em vez de escrever meu próprio .XCompose no diretório inicial a partir do zero.
Funcionou para mim, talvez funcione para você.
