No caso de FOSS, existe PDFCrack , não tenho certeza se realmente remover a segurança, é apenas um cracker de senha. Eu geralmente recorro a algum software de teste gratuito, Removedor de Restrições A-PDF , é mais fácil de usar.
Pode ser muito mais difícil se for uma versão recente do PDF, mas acho que eles realmente aumentaram a segurança recentemente.