Existem muitas maneiras de fazer isso (aqui estou usando o BeyondCompare como exemplo, é o melhor que eu encontrei em esta categoria, mas a solução também funciona bem com WinMerge ):
A) Edite wincmd.ini
em %USERPROFILE%\AppData\Roaming\GHISLER\
por padrão e adicione algo assim:
[Configuration] CompareTool=C:\Program Files\Shareware\FileCmp\BeyondCmp\BCompare.exe
Agora, todas as comparações são feitas usando este aplicativo em vez da ferramenta interna.
B) Usando o StartMenu do TotalCmd (comando "Change start menu ..."), adicione estes comandos:
Título:
BC (Compare left-vs-right directories)
Comando:
%YourPath%\BeyondCmp\BCompare.exe
Parâmetros:
%X%p %X%t
Título:
BC (Compare current file under cursor vs same file in the other panel)
Comando:
%YourPath%\BeyondCmp\BCompare.exe
Parâmetros:
"%X%p%x%n" "%X%t%x%n"
Título:
BC (Compare current file in left vs current file in right)
Comando:
%YourPath%\BeyondCmp\BCompare.exe
Parâmetros:
"%X%p%n" "%X%t%m"