Clique no nome do servidor e vá para o cache de saída.
Clique em Adicionar regra de cache e digite as extensões - .aspx, .aspx.vb, .aspx.cs, .js etc. (não tenho certeza se você pode fazer tudo em um)
Em seguida, simplesmente marque a opção "Prevenir todo o cache" ou "Desativar o cache do modo de usuário" e isso deve impedir que o IIS mantenha um cache das páginas.
Na próxima vez que você fizer uma atualização completa, ele deverá obter os arquivos do disco rígido e não o cache / memória
Atualmente não tenho uma máquina com o IIS7 em que eu posso mexer com isso, então eu pesquisei e encontrei a imagem abaixo: