Após as alterações fornecidas pelo grupo GNOME, muitos dos "erros visuais" são corrigidos nas seguintes versões após a que você mencionou na sua pergunta (Supondo que você tenha o mais recente a partir da data em que você postou a resposta). / p>
Uma atualização simples (ENORME) do seu shell Gnome deve resolver isso. Você pode encontrar como instalar o PPA aqui no askubuntu.
Aqui estão as alterações para a versão 3.2 e a versão 3.4:
Gnome 3.2 - link
Gnome 3.4 - link