Você pode gostar do guia on-line - Introdução ao Linux - um guia prático - como um bom ponto de partida. Importante, é um guia bem estruturado. Se isso não for para você, dê uma olhada em Linux em poucas palavras e < Como funciona o Linux
Um sistema Linux funcional é tipicamente uma instalação de uma distribuição Linux (distribuição). Em algum momento você terá que aprender processos e comandos que são específicos da sua distribuição. Você também pode escolher um livro ou guia que baseie suas explicações e exemplos na distro que você está usando ou provável de usar.
Se você tiver tempo e disposição, não há como errar com este guia abrangente: LINUX: Rute User's Tutorial e Exposição . Este guia é uma bênção para alguém que quer entender linux, e não alguém que está começando no linux de desktop.