Como o nome indica, o local é destinado a arquivos que devem ser armazenados temporariamente.
Então, se você escrever um aplicativo e quiser armazenar algo para recuperação posterior, esse é o lugar errado para você. O local Temp deve ser usado apenas para dados que, se forem eliminados, não importam de qualquer maneira.
Infelizmente, nem todo programador entende esse conceito.
Se alguém decidir colocar um arquivo crítico nesse local, a exclusão desse arquivo poderá causar problemas a um aplicativo.
Portanto, na minha opinião pessoal, a exclusão do conteúdo da pasta Temp não deve causar problemas. Mas, devido ao modo como é usado, não pode ser garantido que seja uma operação segura.
Por favor, lembre-se de que esvaziar a pasta enquanto o sistema está em operação pode fazer com que um aplicativo em execução perca um arquivo ali colocado. Esvaziar a pasta é algo melhor feito durante a inicialização.