Backups criptografados têm suas desvantagens. No caso de a mídia de backup ficar corrompida, você poderá perder tudo, ao passo que as chances são muito melhores de recuperar backups não criptografados (pelo menos parcialmente) de um disco danificado.
Em qualquer caso, apenas um conjunto de backups é insuficiente. E, se aplicável, manter um backup não criptografado em um local seguro (por exemplo, um cofre do banco). A segurança tem um preço.