Com base nessa resposta do StackOverflow , adicionaria -pix_fmt yuv420p ao seu comando dessa maneira; um dos comentários menciona adicionando -vcodec libx264 assim também está incluído aqui:
ffmpeg -pattern_type glob -i '*.JPG' -vcodec libx264 -s 640x480 \
-pix_fmt yuv420p movie.mp4
Ou você pode usar o filtro de formato . Este exemplo usará o filtro de escala em vez de -s e o filtro de formato em vez de -pix_fmt :
ffmpeg -pattern_type glob -i '*.JPG' -vcodec libx264 \
-vf scale=640:-2,format=yuv420p movie.mp4
Além disso, foi elaborado no Wiki oficial do FFmpeg sob o título “Codificando para jogadores mudos” ; ênfase minha:
You may need to use
-pix_fmt yuv420pfor your output to work in QuickTime and most other players. These players only supports the YUV planar color space with 4:2:0 chroma subsampling for H.264 video. Otherwise, depending on your source, ffmpeg may output to a pixel format that may be incompatible with these players.