Eu encontrei esse problema exato. Depois de perguntar e fazer alguma experimentação, parece estar relacionado às rotinas "File Status Auto Detection" do Notepad ++. Percebi que quanto mais arquivos de compartilhamento de rede eu abrisse, mais lenta a interface do usuário seria responder ao receber o foco. Eu resolvi isso desativando "Detecção automática de status do arquivo". Talvez não seja uma solução ideal para todos os ambientes. Agora eu só queria que houvesse uma opção de atalho de um botão ou teclado para verificar se o arquivo foi alterado desde que foi aberto.