A maneira simples é copiar o arquivo txt para um arquivo chamado mydel.bat no diretório dos arquivos a serem excluídos. Usando um editor como o Microsoft Word, edite esse arquivo. Faça uma substituição global no Newline normalmente ^p no Word. Substitua-o por space/f^pdelspace . Isso vai mudar
File1.bin
File20.bin
File21.bin
para (com /f para "forçar a exclusão de arquivos somente leitura"):
File1.bin /f
del File20.bin /f
del File21.bin /f
del
Edite a primeira linha para adicionar o del space
e apague a última linha.
Execute o comando em lotes.