Você pode ativar a rolagem com dois dedos, forçando a configuração de rolagem:
gconftool-2 --set --type=int /desktop/gnome/peripherals/touchpad/scroll_method 2
Se isso não funcionar, tente com o script abaixo:
xinput --set-prop --type=int --format=32 "SynPS/2 Synaptics TouchPad" "Synaptics Two-Finger Pressure" 10
# Below width 1 finger touch, above width simulate 2 finger touch. - value=pad-pixels
xinput --set-prop --type=int --format=32 "SynPS/2 Synaptics TouchPad" "Synaptics Two-Finger Width" 7
# vertical scrolling, horizontal scrolling - values: 0=disable 1=enable
xinput --set-prop --type=int --format=8 "SynPS/2 Synaptics TouchPad" "Synaptics Two-Finger Scrolling" 1 1
# vertical, horizontal, corner - values: 0=disable 1=enable
xinput --set-prop --type=int --format=8 "SynPS/2 Synaptics TouchPad" "Synaptics Edge Scrolling" 0 0 0
# stabilize 2 finger actions - value=pad-pixels
xinput --set-prop --type=int --format=32 "SynPS/2 Synaptics TouchPad" "Synaptics Jumpy Cursor Threshold" 120
Eu o adicionei aos meus aplicativos de inicialização. Se isso não funcionar, tente adicionar um sleep 10 no topo do script.