Você pode tentar colocar o nome do seu módulo proprietário (nvidia ou fglrx (para ATI) são mais prováveis) nas aspas em MODULE=""
no arquivo /etc/default/acpi-support
e reinicializar.
sudo nano /etc/default/acpi-support
Isso fará com que o módulo seja descarregado antes de suspender e recarregar após a suspensão. Às vezes funciona, mas também é possível que você tenha apenas alguns drivers de bugs em algum lugar e precise registrar um bug do kernel.
EDITAR:
Também é muito possível que você tenha encontrado um bug. Se você acha que é o caso, por favor arquive: ubuntu-bug linux