Use xxd com o argumento -r (e possivelmente o argumento -p ) para converter de hex para binário simples / octetos e base64 para converter o formulário binário / octeto para base64.
Para um arquivo:
cat file.dat | xxd -r -p | base64
Para uma sequência de números hexadecimais:
echo "6F0AD0BFEE7D4B478AFED096E03CD80A" | xxd -r -p | base64