Um fator importante para tornar as atualizações mais fáceis é não fazer nada que confunda o gerenciador de pacotes. Ou seja, você não deve tocar em áreas do sistema que o gerenciador de pacotes espera que sejam seu domínio. Alguns exemplos concretos.
Se você compilar / instalar programas usando o ./configure; faço; make install method, não os coloque diretamente sob /usr . É melhor usar /usr/local ou /opt , alternativamente (melhor ainda) para rolar seus próprios pacotes deb.
Quando você remove pacotes, pode fazer uma remoção normal ou uma limpeza explícita. A menos que você limpe o pacote, o gerenciador de pacotes pode deixar os arquivos em /etc , /var e assim por diante. Não exclua esses arquivos sozinho, pois o gerenciador de pacotes espera que eles estejam lá. Em vez disso, use seu gerenciador de pacotes para limpar explicitamente os restos do pacote.
Usar o pacote deb de repositórios de terceiros deve, teoricamente, ser seguro, supondo que sejam cuidadosamente construídos, etc. Ainda assim, por precaução, você pode querer remover esses pacotes e / ou repositórios antes de fazer um upgrade para um novo Lançamento do Ubuntu.
Ok, deixe-me ver se posso acrescentar mais carne a essa resposta ...
Primeiro de tudo, tudo o que você faz em seu diretório pessoal é perfeitamente seguro em relação ao gerenciador de pacotes. Nunca tocará em nada sob/home .
(Claro, você ainda pode causar muita confusão fazendo coisas ruins em seu diretório pessoal. Felizmente, isso geralmente é recuperado removendo-se os arquivos de configuração quebrados do seu diretório pessoal, e permitindo que eles sejam recriados a partir de padrão na próxima utilização.Não note que a recriação automática de configuração padrão só vai para seus arquivos de configuração pessoal, não o material do sistema em /etc )
No papel de um usuário (de desktop) acho que a criatividade mais comum do sistema será a instalação de aplicativos extras, bibliotecas, modos emacs, etc? Novamente, a parte realmente importante é sempre colocar nenhum pacote do deb debn em /usr/local em vez de /usr ; para usar /usr/local/bin em vez de /usr/bin , para usar /usr/local/share/emacs/23.1 em vez de /usr/share/emacs/23.1 e assim por diante.
Uma vez que você comece a brincar com os daemons do servidor, em breve você será confrontado pela configuração do sistema em /etc . Embora geralmente você possa modificar arquivos em /etc , você nunca deve realmente remover um arquivo ou um diretório, a menos que você mesmo tenha criado o arquivo. Da mesma forma, você deve ter cuidado ao criar arquivos novos, caso eles colidam mais tarde com um arquivo de configuração que o gerenciador de pacotes deseja criar. Dito isto, definitivamente existem arquivos que você pode (e deve) ser criado sob /etc . Um dos exemplos mais comuns é a definição do seu Apache VirtualHosts em /etc/apache2/sites-available .
Pode haver momentos em que você deseja criar arquivos ou diretórios em /var . Embora seja um lugar completamente diferente de /etc , ainda considere as mesmas regras sobre ser cuidadoso e fazer as coisas individualmente.
Caso você queira saber mais, não vai atrapalhar você dar uma olhada no Padrão de Hierarquia do Sistema de Arquivos (FHS) ou no Manual de Políticas Debian . Embora possa ser um exagero ao responder sua pergunta original, ainda é uma boa leitura.