Você provavelmente pode usar a ferramenta xrandr para isso (supondo que seu driver suporte a extensão xrandr - eu acho que a maioria faz).
Para verificar quais monitores estão conectados e se o xrandr funciona, basta digitar um terminal
xrandr
No meu sistema, eu vejo, por exemplo:
LVDS1 conectado [..] DP2 conectado 1920x1200 [..]
Agora você pode configurar o canal etc. das diferentes saídas.
Por exemplo:
xrandr --output LVDS1 --mode 1280x800 --output HDMI2 --mode 1600x1200 --left-of LVDS1 --rotate left
Isto configura duas telas lado a lado, o laptop-sceen é colocado à direita do TFT externo e a tela TFT é girada em 90 graus (modo retrato).
Para alternar entre diferentes monitores externos, muitas vezes é necessário desativar um deles, por exemplo, com
xrandr --output HDMI2 --off
porque muitas placas gráficas suportam apenas 2 saídas ativadas ao mesmo tempo.