Para a maioria dos usuários, usar o centro de software do Ubuntu seria bom, pois fornece uma GUI simples que permite instalar e desinstalar aplicativos. sudo apt-get também seria bom porque é o único comando no terminal que não faz com que usuários normais do ubuntu se sintam frustrados.
Mas, para usuários avançados, eles podem precisar usar o Gerenciador de Pacotes Synaptic porque desejam instalar ou desinstalar apenas um pacote específico, como o GTK.
Então, para instalar e desinstalar o software, eu usaria o Centro de Software.
Eu também usaria sudo apt-get se eu não puder instalar através do centro de software e sudo apt-get --purge remove para remover o software. E para remoção avançada, use o Synaptic.