Por padrão, o Git executa o vim a partir de Git\bin\vim
.
Este é na verdade um script que contém o caminho para o próprio executável:
#!/bin/sh
exec /share/vim/vim73/vim "$@"
Portanto, você pode editar este arquivo para apontar para a sua localização no Git.
O editor padrão pode ser substituído em Git\etc\gitconfig
:
[core]
editor = path_to_your_editor