Você desejará copiar o fluxo de vídeo sem recodificar para economizar muito tempo, mas recodificar o áudio pode ajudar a evitar incompatibilidades:
ffmpeg -i v.mp4 -i a.wav -c:v copy -map 0:v:0 -map 1:a:0 new.mp4
-map 0:v:0 mapeia o primeiro fluxo de vídeo (índice 0 ) da entrada para o primeiro fluxo de vídeo (índice 0 ) na saída.
-map 1:a:0 mapeia o segundo fluxo de áudio (índice 1 ) da entrada para o primeiro (índice 0 ) fluxo de áudio na saída.
Se o áudio for maior que o vídeo, você deverá adicionar -shortest antes do nome do arquivo de saída.
Não especificar um codec de áudio selecionará automaticamente um codec de trabalho. Você pode especificar um, por exemplo, adicionando -c:a libvorbis após -c:v copy .