O arquivo é menor, mas ocupa um bloco inteiro de 4.0K no disco (você pode ter apenas um arquivo em um bloco). Se o tamanho do byte fosse (por exemplo) 5678 Bytes, ele ocuparia dois blocos de 4.0K, ou seja, 8.0K.
du -b
imprime tamanhos em bytes, substituindo o tamanho de bloco padrão.