As pastas que você assina são aquelas exibidas pelo Thunderbird. Ele assina todas as pastas que encontrar quando você configura a conta pela primeira vez e qualquer pasta que você adicionar através do Thunderbird também será automaticamente inscrita. Eu acho que essa opção está lá, então se você adicionar uma pasta através de outro aplicativo ou um aplicativo webmail-ish e quiser que a nova pasta também seja exibida, basta ativá-la.
Talvez este link esclarecerá as coisas. Aqui está uma citação:
Your IMAP email client (eg Thunderbird) will display the folders in your account to which you are "subscribed".
Generally, this will be all of the folders in your account, and only the folders in your account. However, in some situations you may find that there are folders in your account that do not appear in Thunderbird, or folders that appear in Thunderbird that are not in your account. This can be fixed by subscribing to (or unsubscribing from) the offending folders.