Marketing puro.
O Windows 1,2,3,95,98 e o ME não contam mais, agora é a Linha NT.
NT 1 e 2 nunca existiram, NT 3.1 e 3.5.1 foram os primeiros, nomeados após o Windows 3.1 mas não com base neles.
A partir daí, os números de versão são divididos.
Após o NT 3 veio o NT 4, o NT 5 (Windows 2000), o NT 5.1 (Windows XP), o NT 6 (Vista) e o NT 6.1 (Win7).
Como dito, o Win7 é internamente 6.1 por razões de compatibilidade (e possivelmente porque assim como o XP era apenas uma atualização de tamanho médio para 2000, 7 é apenas uma atualização de tamanho médio para o Vista. NT 4 > 2000 > atualizações arquitetônicas).