Para minha Cisco Compatible VPN no Ubuntu 9.04 (VPNC), há uma caixa de seleção para selecionar.
Edite suas conexões, acesse a guia VPN e edite a configuração da VPN.
Vá para a guia Configurações IPv4 e, no canto inferior direito, um botão "Rotas".
Clique no botão e marque a caixa "Use esta conexão somente para recursos em sua rede"
Como outros já mencionaram, existem arquivos de configuração baseados em texto que podem ser alterados em vez de usar a GUI. Uma coisa legal sobre GUIs é que você não precisa memorizar todos os valores possíveis ou se preocupar com a ortografia