Como a substituição de comandos está entre aspas duplas, ela é avaliada no momento em que o comando é definido. Isso faz com que find
examine o conteúdo do seu disco rígido enquanto o .bashrc
está em execução.
Você, ao contrário, parece querer que seja avaliado no momento do uso. Nesse caso, use aspas simples:
alias prog='/path/to/script.sh $(find "$(pwd)" -name prog)'
Observe que esse alias falhará se qualquer um dos arquivos encontrados tiver espaços em branco em seus nomes. Para evitar isso:
alias prog='find . -name prog -exec /path/to/script.sh {} +'
Este último formulário funcionará de forma confiável para qualquer tipo de nome de arquivo.