Use SugarSync ou SpiderOak para fazer backup do mesmo diretório da caixa de depósito.
Atualização 1/2017:
Muitas opções para outros sistemas de backup nos dias de hoje, incluindo aqueles hospedados como o NextCloud.
O Dropbox tem uma opção para notificações por email para novos logins para alertá-lo mais rapidamente sobre um problema.
O Dropbox tem 30 dias de exclusão, se você puder acessar a interface da web. Pro tem uma opção para estender isso para um ano.
O Dropbox adicionou 2 auth de fator para ajudar a impedir que logins ruins aconteçam.
Há também várias soluções NAS de hardware e discos rígidos externos que podem ser sincronizados com o dropbox, fornecendo várias maneiras - de um disco off-line a um plano de backup personalizado em um NAS para manter um instantâneo de seus arquivos.