Se você receber um erro de que um objeto está em uso, assegure-se de interromper todos os serviços e de fechar todos os programas do Cygwin. Se você receber um erro de 'Permissão negada', precisará modificar as permissões e / ou propriedade dos arquivos ou pastas que estão causando o erro. Por exemplo, às vezes os arquivos usados pelos serviços do sistema acabam sendo de propriedade da conta SYSTEM e não podem ser gravados por usuários comuns.
A maneira mais rápida de excluir a árvore inteira, se você tiver esse problema, é alterar a propriedade de todos os arquivos e pastas para sua conta. Para fazer isso no Windows Explorer, clique com o botão direito do mouse na pasta raiz do Cygwin, escolha Propriedades e, em seguida, a guia Segurança. Se você estiver usando o Windows XP Home ou o Simple File Sharing, será necessário inicializar no Modo de Segurança para acessar a guia Segurança. Selecione Avançado, vá para a guia Proprietário e verifique se sua conta está listada como proprietária. Marque a caixa de seleção "Substituir proprietário em sub-recipientes e objetos" e pressione OK. Depois que o Explorer aplicar as alterações, você poderá excluir a árvore inteira em uma operação.
Se você quiser ser minucioso, pode excluir a árvore de registro Software \ Cygwin em HKEY_LOCAL_MACHINE e / ou HKEY_CURRENT_USER. No entanto, se você seguiu as instruções acima, você já terá removido tudo importante. Normalmente, apenas o diretório de instalação foi armazenado no registro.
Aqui está a ligação do Cygwin