Eu não acho que alguém realmente saiba.
A informação mais atualizada que eu posso encontrar é uma entrevista com Quentin Clark em que ele diz que "a maior parte do WinFS já foi enviada ou será enviada" apenas em outras formas, como parte do SQL Server ou da estrutura de entidades do ADO.net.
Eu pessoalmente suspeito que foi um daqueles projetos que foi mal definido desde o início. Foi tudo para todas as pessoas e, consequentemente, nunca poderia realizar todos os seus objetivos. Parece que toda a pesquisa que entrou nos vários aspectos diferentes do WinFS acabou se transformando em projetos separados e se tornou parte de outras coisas.
Você pode ver a partir deste desenvolvimento cronograma que é um projeto em andamento desde 1990. Isso faz dele um dos os poucos projetos de software que realmente estavam em desenvolvimento por mais tempo do que Duke Nukem Forever
[Edit: Para completar, aqui estão algumas outras informações que encontrei - Blog do WinFS - Última atualização em junho de 2006. A última entrada basicamente diz que o WinFS não estava morto, mas não é mais um produto separado, ele foi planejado para incorporar a tecnologia em outros produtos como o SQL server e ado.net]
Novas informações (maio de 2010):
Eu encontrei este artigo que fala sobre os recursos do WinFS que sobreviveram e viver de alguma forma no Windows7.