Eu tive esse problema. Deparei com a seguinte configuração no Windows 7 (profissional):
Control Panel --> All Control Panel Items --> Fonts --> Font settings
Ocultar fontes com base nas configurações de idioma foi ativado. Eu o desabilitei e uma grande quantidade de fontes apareceu para mim ... o que permitiu que o Eclipse começasse a exibir fontes ocultas.
No eclipse, agora posso ver todos os caracteres UTF-8 que estava usando ... depois que ajustei minhas fontes para permitir novamente. A fonte original que foi atribuída, 'Courier New' estava exibindo os itens como caixas, como você descreveu.