Eu acho que você tinha o Vista no disco como partição 1 e, em seguida, o Windows 7 como partição 2 e, em seguida, excluía o Vista, o que significa que o Windows 7 agora está na partição 1.
Infelizmente, o Windows identifica suas partições por seus números, para que todas as referências de partição no registro do Windows 7 estejam incorretas e inutilizáveis.
Acredito que você terá que reinstalar o Windows 7. Uma Instalação de reparo simples deve ser suficiente, e só irá atualizar o Windows e não perturbar os aplicativos instalados.
Ou, para a solução furtiva, você poderia criar um pequeno espaço vazio no disco antes da partição do Windows 7 e formatá-lo como NTFS, na verdade recriando uma partição substituta 1 que restaurará a partição Windows 7 partição para sua posição número 2 no disco. Talvez você ainda precise fazer novamente o Reparo de Inicialização.
[EDITAR]
Você pode forçar o Windows a recriar a partição do armazenamento BCD iniciando a partir do DVD na opção Prompt de comando de Reparar e inserir:
bcdedit /export C:\BCD_Backup
ren c:\boot\bcd bcd.old
bootrec /rebuildbcd
Em caso de problema de permissão, use o comando attrib bcd -s -h -r
antes da renomeação.
Reinicialize e, se não funcionar, execute o Reparo de Inicialização novamente.
Outra solução desesperada é supor que o bootmgr foi corrompido e inicializado como acima e faça:
ren c:\bootmgr deletemelatter
bootrec /rebuildbcd
bootrec /fixboot
Se nada funcionar, basta reformatar todo o disco e instalar a partir do zero. Nem todo problema pode ser analisado ou tem uma solução.