Esses diretórios .Trash-0 aparecem quando o root exclui arquivos de usuário não raiz de um gerenciador de arquivos. O 0 é o $ UID do sistema, que é zero para o root. Os diretórios são criados sempre que um usuário exclui arquivos pertencentes a outra conta de usuário.
Então, eu acho que você usa sua conta root para excluir alguns materiais em sua casa usando o Gerenciador de arquivos e não o terminal.
E sim, você pode alterar a propriedade se quiser ou apenas excluí-la.