Sim, economiza energia. Se um dispositivo da sua placa-mãe estiver habilitado, ele consumirá energia, mesmo que não esteja sendo usado. Dependendo do dispositivo e das configurações de gerenciamento de energia, o sistema operacional pode desativá-las ou, pelo menos, em um estado de baixo consumo de energia.
Como dito antes, sim, você está usando mais energia e memória. No entanto, a quantidade é extremamente insignificante em comparação com o uso da CPU, placas gráficas e até mesmo dos fãs.
Geralmente, se você não estiver usando um dispositivo onboard, desative-o no BIOS. Isso impedirá que ele receba energia. Além disso, o SO não precisa carregar drivers para esses dispositivos, que usam uma pequena quantidade de memória. Mas mais importante, na minha opinião, você não vai confundir acidentalmente um dispositivo para outro, como não será visível para o sistema operacional.
Sim, você pode deixá-los sem prejuízo, mas pessoalmente eu digo que se não estiver sendo usado, não o deixe ativado. Você sempre pode ligá-lo depois.