Os PCs normais não têm o GPIO como tal no sentido de "pinos destinados a serem de propósito geral". Os conectores em uma placa-mãe do PC (sejam cabeçalhos internos ou externos) foram projetados para funções específicas. No entanto, alguns deles podem ser reaproveitados para seus próprios fins.
A coisa mais próxima do GPIO que os PCs têm é provavelmente a porta de impressora paralela que possui várias linhas de dados e linhas de handshake. Essas linhas são um pouco como os pinos GPIO, embora você tenha menos flexibilidade em termos de suas direções. link
As linhas de handshake nas portas seriais também podem ser usadas como IO geral, embora tenham níveis de voltagem estranhos.
Portas paralelas e seriais são menos comuns do que costumavam ser, mas ainda é muito fácil encontrar placas-mãe que as tenham, se você comprar por aí.
Você também pode reaproveitar entradas e saídas destinadas a LEDs, botões, etc., mas imagino que os detalhes serão muito específicos para um sistema em particular.
Os PCs usam um barramento baseado em I2C chamado SMBUS para várias funções de gerenciamento. Tenho certeza que já vi relatos de pessoas colocando seus próprios dispositivos I2C neste barramento por meio de fios de solda antes, mas não consigo encontrar links agora.
Há outro barramento I2C nas portas de vídeo usadas para identificação do monitor. Se você pode obter acesso a software para ele depende de qual SO e hardware de vídeo você está usando link
E, claro, há USB. Agora existem microcontroladores baratos com interfaces USB que você pode usar para se conectar a isso.