Não existe um "Gerenciador de arquivos padrão para Linux". Tudo depende de como você pode estar tentando abrir um. Se você perguntar ao XDG, terá que verificar o que o XDG acha que esse gerenciador de arquivos deve ser. Mesma oferta para qualquer outro "ambiente", como o Gnome ou o KDE. Se você tiver todos eles instalados, é perfeitamente possível (e bem) para cada um deles ter um "gerenciador de arquivos padrão" diferente.
O caso dos aplicativos padrão parece vir principalmente do Windows. Lá, temos apenas um ambiente, aquele que o Windows nos apresenta. Como tal, a noção de uma aplicação padrão é efetivamente efetiva no sistema. Este não é o caso do Linux.
O que você pode perceber como aplicativos padrão no Linux, como o que está armazenado na variável de ambiente $ EDITOR, não é um aplicativo padrão "verdadeiro", simplesmente uma convenção usada por muitas pessoas que escrevem ferramentas do sistema e scripts. Sinta-se à vontade para definir o $ FILEMANAGER, se for adequado ao seu caso de uso.