Coloque um documento de texto nesse local chamado deployment.properties
c: \ windows \ sun \ Java \ deployment \ deployment.properties
Apesar do que a documentação Java diz, você não precisa do arquivo deployment.config, a menos que queira usar a configuração de mandamento.
Esse arquivo alterará o padrão para todos os usuários no computador, mesmo que eles já tenham um arquivo deployment.properties na pasta appdata. Você pode verificar se as configurações estão tendo efeito quando você abre o painel de controle do java 32, uma vez que ele lê as configurações.
Aqui estão algumas das coisas que colocamos em nosso arquivo deployment.properties.
#disables the java desktop shortcut on install - might not be required for modern versions
deployment.javaws.shortcut="NEVER"
#tells sets security level to it's minimum "MEDIUM" to allow for apps to run on outdated java versions
deployment.security.level=MEDIUM
#disabled certificate checking so that java apps load much faster. Java still checks the certificate
#blacklist though so the certificate is still used.
deployment.security.validation.ocsp=true
#moves the user trusted certificates store to a shared location so we can pre-approve controls
deployment.user.security.trusted.certs=C\:\Program Files\Java\jre7\security\trusted.certs
O último bit é a melhor maneira de se livrar das caixas "você deseja executar este aplicativo". Depois de definir o local trusted.certs para um local compartilhado, crie seu próprio arquivo trusted.certs indo manualmente para o processo de marcar a caixa "não mostrar isso novamente". Eles implementam esse arquivo trusted.certs em todas as suas máquinas com esse arquivo deployment.properties e viola, sem mais pop-ups de segurança.
Observe que as barras extras no caminho são necessárias. Colons são caracteres reservados e a barra invertida é o caractere de escape.