Além do Windows simplesmente não ter suporte para sistemas de arquivos Linux, a Microsoft não pode assumir a responsabilidade de garantir que seus dados estarão seguros se eles tentarem suportá-los. Por exemplo (e completamente hipotético), digamos que a equipe ext4 melhora o desempenho reconhecendo um novo formato in4 do ext4 que não é compatível com versões anteriores. O Windows em seguida modifica seus dados, mas mistura o formato antigo com o novo, porque ele não sabe sobre a alteração e corrompe seus dados. Quem você culpará?
Durante anos, como minha memória relembra, o kernel do Linux tinha suporte somente leitura para NTFS, e o suporte para gravação foi rotulado como UNSUPPORTED por anos após sua introdução. O kernel do Linux estava obviamente muito preocupado com a integridade dos dados até que eles confiassem que o suporte do sistema de arquivos NTFS era totalmente estável e compreendido. Agora imagine como seria mais difícil na equipe do kernel se o Windows tivesse outros sistemas de arquivos 3-5 tão populares quanto o NTFS. (Pense: ext3-4, XFS, ReiserFS, Btrfs, etc.)