Um limpador de registro não corrigirá falhas ou problemas de qualquer tipo, pois remove apenas as entradas que ele sabe que não têm efeito.
Embora um limpador de registro tenha um efeito muito leve no desempenho, ele geralmente é pequeno demais para ser medido. O registro é uma estrutura bastante eficiente, portanto, reduzir seu tamanho levemente não tornará os acessos mensuravelmente mais rápidos. E o tempo para detectar que um arquivo não existe é muito pequeno também, portanto, remover as entradas que levam a arquivos inexistentes também não economizará muito tempo.
Dito isto, sou um daqueles caras que gosta de um sistema limpo e organizado. Eu desfragmentar minhas unidades porque eu gosto e eu corro um limpador de registro porque o lixo me ofende em um nível pessoal.