Não tem representante para comentar diretamente na resposta do @VonC ainda. Mas aqui está como isso funcionou para mim.
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removeu os projetos de
%código%
Como sugerido acima
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Tente abrir cada projeto, clicando em "ok" para todos os erros
Agora parece que se foi, mas se eu tentar importar um novo projeto com o mesmo nome, o Eclipse afirma que eles ainda estão lá.
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no explorador do projeto, pressione 'F5' para atualizar. N ow eclipse percebe que o projeto se foi, e pergunta se ele deve remover o projeto do espaço de trabalho, depois de aceitar que o projeto já se foi.
Talvez o passo 2 possa ser ignorado, eu não tentei.
Meu eclipse:
Lançamento Luna (4.4.0)