Resposta curta: cache de gravação
TL; DR: Primeiro, há muito menos sobrecarga ao copiar um único arquivo grande, comparado a muitos arquivos menores. Isso significa que o PC e o NAS não estão "perdendo" muito tempo procurando arquivos, atualizando a tabela de arquivos e os metadados do sistema de arquivos. Isso também significa uma taxa de transferência muito maior, o que provavelmente revelará alguns dos gargalos de largura de banda na configuração.
Os picos e vales no gráfico de largura de banda parecem ocorrer em intervalos regulares, e considerando o fato de que você está copiando um único arquivo grande (largura de banda máxima, sobrecarga mínima), eu diria que você está vendo o efeito de buffering / caching.
Parece-me que você provavelmente está enviando dados para o NAS em um ritmo mais rápido do que é capaz de gravá-lo em disco. Graças a escrever cache / buffers, ele ainda é capaz de recebê-lo a uma taxa mais rápida (os picos do gráfico), mas você não pode continuar recebendo dados sem comprometê-lo com o disco.
Eventualmente, o buffer ficará cheio e terá que ser gravado no disco. Enquanto isso, o NAS não pode receber dados tão rapidamente quanto antes, já que não tem onde armazená-los (o buffer está cheio e os discos são mais lentos). É aqui que você obtém os vales do gráfico.
Parece que o Windows está suavizando o gráfico de taxa de transferência. Com gráficos mais precisos (digamos, do Performance Monitor), você pode estimar o tamanho do buffer de gravação, analisando os intervalos e os bytes transferidos.
A razão pela qual os picos e vales não ocorrem em intervalos perfeitamente uniformes é provavelmente porque PC, NAS ou ambos estão fazendo "alguma outra coisa" enquanto você copia o arquivo.