A primeira coisa que suspeito é de um problema no disco.
Obtenha um bom disco externo do qual o OS X pode inicializar, formate-o com o HFS + e execute um aplicativo clone como o Carbon Copy Cloner para manipular o conteúdo de sua unidade no disco externo.
Em seguida, execute a permissão do Utilitário de Disco e a verificação de dados na sua unidade interna. Veja se consegue encontrar (e reparar) problemas.
Continue executando o Utilitário de Disco até que não ocorram mais erros.
Você pode tentar executar o seu sistema fora da unidade externa por algum tempo para ver se você ainda tem os travamentos também, pois isso pode diminuir o problema.
Marque um encontro com um Apple Genius para que seu sistema seja verificado. Se você tem o Tech Tools da Apple para o seu sistema (ele deve ter AppleCare), então você pode executar o diagnóstico de disco também.
Além disso, se estiver sob o AppleCare, você pode ligar para a solução de problemas. O suporte técnico da Apple é geralmente muito bom, e se você tiver que enviá-lo (eu sei que chegar a uma loja da Apple para mim é mais do que um pouco difícil) a reviravolta é um dia ou dois, nada mal, embora eu seja Claro que existem alguns que têm histórias de terror (não existem sempre?)