Consegui resolver meus problemas limpando as configurações em uma instância chrome "master", definindo tudo da maneira que eu queria que fosse. Então, fui ao Google Dashboard e apaguei todos os dados do Google Chrome Sync de lá. Leva alguns minutos, atualize até que tudo esteja vazio ("Nada a ver aqui"), acesse e faça login para sincronizar no Chrome. Agora tudo deve ser bom. Apenas tente não adicionar coisas que você não deseja a partir de agora, como sincronizar com sua conta em uma instância do Chrome que tenha muitas configurações indesejadas.