Você precisa alterar a segurança da pasta dentro do Windows para a qual o cygwin está gravando, para que ela corresponda à sua configuração do cygwin.
Por exemplo, com a segurança padrão, obtenho:
-rwxr-xr-x 1 400 401 0 Jul 29 14:48 New Text Document.txt
Depois de alterar a segurança na pasta no Windows, recebo:
-rwxr--r-- 1 400 401 0 Jul 29 14:54 New Text Document 2.txt
Descobri que a entrada de segurança do Windows "Todos" corresponde a "outro" na listagem "grupo de usuários outro" no comando ls. Remova "Ler e executar", deixando apenas Leitura para que seja correspondente. A entrada de segurança especial CREATOR GROUP combinou a parte "group" para mim. Quando desativei "Read & execute" e deixei apenas a leitura ativada, toda a listagem de diretórios agora correspondia à segurança do arquivo criado pelo cygwin.