Embora não o ajude de imediato, o lessmsi está trabalhando em uma versão nativa do Linux. Ele preserva a estrutura de diretório como você deseja, então vale a pena verificar se isso será um problema de longo prazo para você. Infelizmente, o suporte para .msi no Linux parece bastante esparso, então o lessmsi ou o msiexec através do wine podem ser sua única opção imediata, mesmo que (como você disse) o wine seja uma dependência muito pesada para extrair arquivos.