Tem a ver com o recurso de desligamento híbrido do Windows 10 (também conhecido como inicialização rápida). Consulte o link .
Solução de curto prazo: certifique-se de selecionar a opção "Reiniciar" no Windows, em vez da opção "Encerrar" sempre que desejar mudar para o Linux.
De longo prazo: permanentemente desabilite a inicialização híbrida
No Windows, o Painel de Controle de Opções de Energia e clique em “Alterar o que os botões de energia fazem”. Talvez seja necessário clicar no link "Alterar configurações que estão indisponíveis no momento" para ativar a alteração dessa configuração. Role para baixo e desmarque a opção "Ativar inicialização rápida (recomendado)". Clique em "Salvar alterações" para salvar suas alterações.
Da próxima vez que você desligar o Windows, ele irá desligar completamente, assim como o Windows 7 sempre fez.