Este é um bug, como você pode ver aqui: link e não Parece que ele será corrigido porque, aparentemente, os desenvolvedores do GNOME não querem que os usuários executem qualquer aplicativo como root.
Uma alternativa é usar "gksu" (ou "gksudo") duas vezes, assim:
gksu gksu gedit /path/to/file
Você pode criar um alias para não precisar executá-lo duas vezes. Para fazer isso, abra ~ / .bashrc e adicione isto:
alias gksudo='gksudo gksudo'
alias gksu='gksu gksu'
Em seguida, salve o arquivo e execute-o para originar o arquivo ~ / .bashrc:
. ~/.bashrc