Mesmo que o aumento de desempenho seja inexistente, há vários motivos para dividir sua instalação:
- Se um sistema de arquivos corromper, o restante dos seus dados estará intacto
- Um processo passado (ou seja, gravar arquivos de log excessivos) preenche apenas uma partição
- Você pode montar seu diretório / home em várias instalações
etc.
A Wikipedia tem um ótimo resumo sobre os benefícios de várias partições.