Algumas atualizações exigem que as dlls do sistema sejam substituídas.
A maneira como o Windows funciona significa que eles geralmente não podem ser substituídos enquanto um usuário está logado, então a máquina tem para ser reinicializada para permitir isso.
Você pode fazer com que a atualização aconteça enquanto ainda estiver usando a máquina, mas, quando estiver concluída, ela fará com que você reinicie. Você pode adiar isso, mas eventualmente terá que fazer isso.
Por que o Windows 7 executa parte da atualização no encerramento e o restante na próxima reinicialização não tenho certeza - a menos que seja porque certos arquivos ainda estão em uso nesse momento ou como Robert aponta as necessidades de atualização para acessar o registro que precisa ser feito no início do processo de inicialização para evitar o seqüestro.