Desde que você esteja em um sistema Unix:
cd <directory containing PDFs>
find . -type f -name '*.pdf' -exec perl -pi -e 's:/Annots \[[^]]+\]::g' {} +
Este é um hack que remove todos os comandos /Annots
do PDF (os comandos que desenham as anotações). Ele deixa os objetos de anotação lá (você pode abrir o PDF com um editor de texto e procurá-los), eles simplesmente não são desenhados.