O arquivo debian/rules
é de onde configure
seria chamado.
Dependendo do sistema usado para esse script de regras específicas, o configure pode ou não ser executado diretamente no arquivo. Se não estiver, o sistema usado por esse pacote está detectando que precisa executá-lo e fazer isso.
Além disso, dependendo do sistema usado pelo pacote, pode haver uma variável usada no arquivo de regras para definir as opções passadas para a configuração. Se existir, é provável que esteja perto do topo do arquivo e esse seria o melhor lugar para você fazer a alteração.